機種は書いてないけど…SCL23？
カスタムROM上ではサービスモードが使えず
大まかなネットワーク設定しかできない上、
下手に設定変更すると元に戻せないので設定には注意が必要

SCL23でドコモ系SIMを使う場合、STOCK ROM状態で設定を完了させた上で
カスタムROMを焼くとうまく動く
サービスモードが使えるKitKatのSTOCKでネットワーク設定を最適化し、
LollipopのSTOCKで更新してその上からカスタムROMを焼くといい
サービスモードが使えるものなら他のSTOCK派生ROMでもいい

カスタムROMを焼けばそれ以前のネットワーク設定は関係ないと思われがちだが
優先ネットワーク等の各種設定はROMを初期化しようがカスタムROM化しようが残る
(APNなどだけが消える)

SC-04Fなら知らん
kltekdiはSC-04F用のROMじゃないし