https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q10166020115
陸軍には『統帥参考』という極秘のマニュアルがありました。陸軍軍人でも、参謀本部の参謀以外は閲覧すら不可というものです。(略)
天皇がいくらダメって言っても、「ダメと言ってる天皇陛下の方が間違ってる」って解釈にするわけです。そして、「正しい我々(陸軍)が陛下を正す」と。

満州事変の時は、天皇陛下は大元帥として作戦中止命令を参謀総長に下してます。参謀総長もいちおう関東軍に命令を出しますが、「満州にいる日本人の保護」を名目に、最後まで言うことを聞きませんでした。
また、「内閣の反対」と書いてますが、内閣(若槻礼次郎内閣)は最終的には消極的ながら賛成して臨時予算も出していますよ。まあ、これも関東軍とグルだった陸軍省が、大臣(南次郎)を通して総理を脅し、
「内閣は賛成してまっせ」ということを天皇陛下に伝えてます。ちなみに、陸軍大臣の南次郎は、これで東京裁判で詰め腹を切らされて終身刑になってます。
大日本帝国憲法では、天皇が内閣の決めたことにノーを言うのは憲法違反とされてるので、昭和天皇も「内閣が決めたことだから仕方ない」となったって感じです。
そして軍も、「内閣が決めたことにはノーと言わない」天皇陛下の考えを学んでしまい、自分らがコントロールできる内閣、または陸軍大臣を使って「最後は俺たちが国を統治する。天皇なんかに邪魔させない」という道を進んだわけです。