フィクションである以上、その世界のルールに乗っ取ってればファンタジーでもSFでも何ら問題ないと思うけど
例えばファイナルファンタジーみたいに、世界観としては完全にファンタジーだけど、その世界の中で高度に発達した機械などが現れたらSFなのかといわれるとなんか違うし。

魔法でいうなら現実世界をベースに魔法が存在する世界もファンタジーって分類なのかよくわからなくなったりするから、まあそういうもんって割り切ればいいんじゃね。