ファンタジー：その世界特有のルール設定に基づいて作られてる世界観。（現実の世界では不可能な表現が多く含まれてる場合はこっち。）
SF：現代科学をより発展させた未来の予想から構築される世界観。（あくまで現実的な法則に乗っ取った世界であり、そのうえで化学が発展した未来の超技術。）

エクスパンスの場合、人間たちの科学は限りなく物理現象に乗っ取って表現されてるけど、プロト分子の科学力の違いで、プロト分子は重力場を操作したり、人類では考えられない物理法則を捻じ曲げる力がある。
（エロスのような大質量体がいきなり軌道を変えるとか、超加速してるのに中にいるミラーは加速度を感じないとか）

この辺の設定はファンタジーってかんじ。
ただ、大本の世界観についてはSFで良いと思う。（これをファンタジーといってしまったら、2001年のモノリスとかもファンタジーってことになってしまう）