1つのデッキを作るのに必要な金額で差が出る要因は、BOXの値段以上にデッキ枚数の問題かなと思います。
土地分デッキの最低枚数が多いので、シングル買いでも多色デッキなら結構変わるんじゃないですかね。
1枚辺りでもMTGは、再録も少ないので、値段高い印象です。
後、遊戯王は全部集めるのに、3枚づつなのもBOX買いだとは影響あるかと。