「ストリーミング再生しない(動画を全部読み込んだ後に再生開始する)場合の対処法」
動画のメタ情報がファイルの後ろにある為です。
MP4Boxに一度通してみる必要があり、以下の方法を参考にしてみて下さい。

(1)MP4Boxをhttp://www.videohelp.com/software/mp4box等から落としてくる。
 但し、落ちてくるのはgpackなので、落としてgpacインストールの途中で
 MP4Box以外のチェックを外してからインストールすること。(まんまやるとさぁ大変w)
 インストールで作成されたGPACフォルダからmp4box.exeをコピって
 あらかじめ作っておいたMP4Boxフォルダに貼り付けて準備完了。
(2)ストリーミング再生しない動画ファイル(例:Old.mp4)をMP4Boxフォルダに
 移動orコピペ。
(3)テキストエディタ(メモ帳でも可)で次のコマンドを書いてMux.batと名前を付けて
 MP4Boxフォルダに保存。
 MP4Box.exe -add "Old.mp4" -brand mp42 -new "New.mp4"
(4)Mux.batをクリックorダブルクリックするとDOS窓が開いてmux開始してNew.mp4が作成される。
----------------------------------------------------------------------
【寄生鯖】
-FC2動画-
鯖エンコ回避について(「FC2動画ってどうよ」スレのテンプレから引用)
 FC2動画ではFLVの動画は映像と音声をエンコードし直しさない仕様
 実はFLVコンテナだけでなく、MP4コンテナやMKVコンテナに格納した動画でも
 FLVの動画と同様に再エンコードを回避できます。
 ※動画情報のメタデータは加えられるので元動画と同じではない。
 やり方は簡単でファイル名の拡張子を.flvに変名してからアップロードを行うだけです
 ただし再エンコードを回避してもFLVコンテナへの詰め替えは行われるので
 FLVコンテナに格納出来ない形式の映像や音声は変換エラーになります。
 なお副音声は詰め替えの際に削除されてしまいます。
 鯖エンコ回避可能な動画ファイルの形式:
  映像コーデック:H.264, FLV1, VP6,ω
  音声コーデック:AAC, MP3
  コンテナ:コンテナに関わらず映像コーデックと音声コーデックが
  上の条件に合致すれば鯖エンコ回避可能と思われます
  FLV, MP4, MKVで鯖エンコの回避が可能な事を確認しました
----------------------------------------------------------------------
FC2のコンテナ組み換えメモ
【組み換え方法1】
中身はh264なavc/aacのままなので、落ちてきた200M-flvをXmedia Recorde等で、
コンテナ型式mp4、映像/音声をコピー/コピーで詰め替えてやれば無劣化でmp4ファイルになります。
【組み換え方法2】
FLVExtractで映像と音声を抽出→yamb等で結合
【組み換え方法3】
ffmpeg -i (元のFLVファイル名).flv -acodec copy -vcodec copy (新しく作りたいmp4ファイル名).mp4