分解した者です。
当方は3.2mm高のコネクタを使いました。
あれから2242サイズの両面実装SSDを入手し、取り付けを行いましたが、
やはりKB9028Qと盛大に干渉し、ナナメ差しとなってしまいました。
3.2mm高コネクタを使用する場合は、片面実装タイプのカードが必須です。

ナナメ差しのまま固定してしまいましたが、そんな状態でもカードの認識は可能でした。
（固定方法は結局ジャンク箱とホームセンターと相談して決めました）
また、底板のカーブが出っ張ったサイズをギリギリ許容したらしく、底板を閉めることができました。
安定性やら安全性やらはもう知りません。
https://i.imgur.com/Dg5TgeK.jpg

これから加工する皆様への進言ですが、
・SATA接続のカードは確実に使用可能です
・3.2mm高コネクタで片面実装なら搭載可能。ただし片面実装の2242サイズは探しにくいです。
・両面実装ならば、もう少し高いコネクタが必要なんですが、あるんでしょうか？
京セラのカタログでは1.8mm,2.3mm,3.2mmのラインナップでした。
・半田付けの前に取り付けるカードを含めた現物確認はやっておきましょう、切実に。

PCIeの差動対が来るピンって、>>431の一枚目の画像で言うバッテリー側のピンですか？
M.2→PCIe変換アダプタでは、そちら側からPCIeコネクタへ配線が伸びているのが見えますが、
NANOTEでは少なくとも表層に配線が見えません。
できればPCIeの有無位は確認したいのですが…。