嫌な部分は山ほどありすぎて挙げきれないが、

パスバー的な部分がないのでパスをコピペして移動とかできない(標準ダイアログも Finder 準拠だから全アプリが糞になる)
小階層の中にフォルダ作りたいのに、開いてる位置の直下にできやがって猛烈にスクロールした結果、もともと見ていた位置に戻るのが大変(もともとの位置までドラッグドロップして持っていくのは超大変)
ブラウザの内容やターミナルの内容を見ながらテキストエディタにメモしようとしたらテキストエディタの他のウィンドウが一斉に上がってきてメモる元のブラウザやターミナルが隠れる
Dock から同一アプリ内の複数のウィンドウが選びづらい(謎のタイトルだけでプレビューもない)

などなど