「新着レスのみサムネールを常に生成」だと、新着レスのみ画像取得してサムネール作ってキャッシュに入れて画像を表示する、それ以外はキャッシュに無かったら [？] を表示
チェックしてなかったら、既存のも(たぶんキャッシュに無かったら)画像取得してサムネール作ってキャッシュに入れて画像を表示する
書いてある説明どおりだな。当然、BathyScapheを終了してもキャッシュは残る
(キャッシュの生存期間とかあったりしたら、新着レスのみサムネールを常に生成をチェックしてたら、生存期間過ぎたサムネールは表示されないかもね。生存期間あるのか知らんけど)

キャッシュDBが壊れてるのかもね
~/Library/Caches/jp.tsawada2.BathyScaphe
を消してみれば

他の問題(バグかもも？)の場合はそういう漠然としたのは困ると思う。再現できる手順を具体的に示そう