BepInExのことならデフォルトなら、ファイル自体は全体がフォルダに入ってるわけではなく、
4つの生成ファイルフォルダのみなので解凍ソフト側の設定でそういう設定で解凍しただけじゃないの？
「正しく配置すると、上の図のようにDSPGAME_DataフォルダにBepInExフォルダやwinhttp.dllが並ぶことになります。」と画像付きで説明あるし、
それが失敗してるならばコピペの結果4つのファイルが並列に並ぶことはないでしょう。