スケルトンキー使って入った後死んでしまったら「別の時でなければ入れない」みたいに言われたんですが、これはリログしたら入れるという意味なのか、本編を1度全てクリアして1からプレイし直したら入れるって意味ですか？

1度死んだだけで入れなくなるとか酷すぎる。
みんなスケルトンキーエリアで死んだらキャラ作り直してるの？