KSP内の、例えばmechjebとかのウィンドがアクティブになってる時に
機体の操作を受け付けないことはあるけど
それ以外で操作受け付けない現象になった事はないな

リソースウインド？だかのチェックがバグって入ってタンク全部のウィンドがつきっぱなしはある