むしろスズキでディーゼル使いたいんだったら
OEMで付き合いのあるマツダからSKYAKTIV-D出してもらう方が早いんじゃ。

スズキ側が予算持つってことならデミオ用の1500のSKYAKTIV-Dを
半割り2気筒にしたうえでボア×ストローク微調整で660ccにまとめるってのは出来るけど、
クリーンディーゼル前時代の例に基づくと、少なくとも「登録車」の枠においては
ディーゼルは車体の寸法・重量とかが枠内に収まっていれば排気量上限値は関係無かったので
（だから例えば、スカイラインとかローレルのディーゼルは2800だったけど5ナンバー登録）、
その基準が軽にも当てはまるかどうかだね。

ただ、流石に当時のこの基準は「ガソリン車の2リッターより馬力のあるディーゼルで
現実的にエンジンベイに収まるやつなんてありえない」って時代の話だから
デミオにアテンザ用のSKYAKTIV-D2.5リッター突っ込んじゃうとかいう無謀をした場合に
5ナンバーで改造申請取れるかは分からんw

あと、個人が作って改造申請出す場合は関係無い問題だけど
メーカーとして型式認定取って出そうって時に、ナローボディジムニーで軽自動車枠のままって場合は
64馬力以下に収まってる必要はある。「自主規制」とはいっても現実は行政指導と称してゴリ押しのゴリさん食らうし。