総理は学者の追認官では無い。
学術会議推薦に従う義務なし　内閣府、１８年に見解
2020年10月06日13時24分

　菅義偉首相が日本学術会議の推薦した会員候補６人の任命を拒否した問題で、内閣府が２０１８年に時の首相は学術会議の推薦通りに会員を任命する義務はないとの見解をまとめていたことが６日、分かった。
見解には、首相は任命権者として学術会議に人事を通じて一定の監督権を行使できるとも明記していた。
内閣府が立憲民主党など野党の合同ヒアリングに提出した。見解は「日本学術会議法第１７条による推薦と首相による会員の任命との関係について」と題する文書で、１８年１１月１３日付。

https://www.jiji.com/sp/article?k=2020100600477

アベが野合連合や立憲デモクラシーの会へのお伺いもなく勝手に解釈変更してた。