前原氏が理由を聞くと、菅氏は同年１１月に横浜市でアジア太平洋経済協力会議（ＡＰＥＣ）首脳会議があるとして
「（当時の中国国家主席の）胡錦濤（こ・きんとう）が来なくなる」と主張。中国側は船長の釈放を要求し、
政府間協議や人的交流の中止などさまざまな報復措置をとっていた。釈放しない場合、胡氏が来日しなくなることを懸念したとみられる。

前原氏は「来なくてもいいではないか。中国が国益を損なうだけだ」と異を唱えたが、菅氏は「オレがＡＰＥＣの議長だ。言う通りにしろ」と述べた。
前原氏はその後、当時の仙谷由人官房長官に「首相の指示は釈放だ」と報告した。

当時の外務省幹部も「菅首相の指示」を認めた。菅氏は産経新聞の取材に「記憶にない」と答えた。

事件は２２年９月７日、尖閣諸島沖の日本の領海内で発生。中国漁船が海保の巡視船２隻に相次いでぶつかり、海保は８日未明に船長を逮捕した。
その後、中国側はレアアース（希土類）の対日輸出停止や中国内での邦人拘束といった対抗措置をとり、那覇地検は２４日、勾留の期限を５日残して船長を処分保留で釈放することを決定。
那覇地検は理由として「日中関係を考慮」などと説明した。