よって、新型コロナウイルス特別措置法に基づき知事が休業要請するになってます。
但し、国が事前協議を求めていることで若干の調整が可能となってます。

民主党政権の特措法では調整機能すらなかったのですから、
蓮舫さんの指摘は民主党政権は無策無能で自治体に丸投げだったと言ってるようなものです。

※参考

新型コロナ対策　国と地方の「権限分担」あいまい　特措法、7年前の「警鐘」
https://mainichi.jp/articles/20200424/k00/00m/010/230000c
特措法では本来、外出自粛の期間や範囲、休業を要請する施設などを判断する権限は各知事にある。
政府は基本的対処方針に基づいて「総合調整」にあたり、必要な場合は知事に「指示」を出す権限はあるが、基本的には知事の権限が強いのが法律の構造だ。
改正新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づき、外出自粛や休業を要請する権限は法的には主に知事にある。
だが緊急事態宣言発令に伴って改定された「基本的対処方針」では、自粛要請を「国に協議の上」行うとの文言が入り、国の関与が後付けで設定されるなどしている。
一部自治体の鈍い対応による対策の不均衡を、「通知」によって是正する側面もある。

それでも政府が万能なわけではない。
政府関係者は「感染者向けの病床数や、国が確保したマスクの配布先を報告してこない自治体もある」と不満を漏らす。　←　※東京都など国に報告しませんでした。（菅官房長官と都がもめた理由）
首相周辺は「国は総合調整の権限しかない。知事が『従いません』と言えば、それまでだ」と国の限界を吐露した。

　特措法は、2009年の新型インフルエンザ流行を受けて「国、地方公共団体の体制整備や責任の明確化」などを目的に策定された。　←　※民主党政権が国の権限を自治体にしたのが諸悪の根源とされてます。
「地域主権」を掲げた当時の民主党政権は、外出自粛や休業の要請ができる権限を知事に付与した。