邪推ですが、（無理筋の人事で）安倍政権の弱体化を狙った
菅官房長官の思惑を察知した安倍さんが素早く火消しに回ったということでしょうね。

菅官房長官としては黒川さんが就任しても辞職に追い込まれてもどちらでも構わない訳です。

どちらを選択しても安倍政権に打撃が入る公算です。