ステムでマスタリングすれば、複数曲を同時にマスタリングする場合に、曲ごとにドラムをちょい上げたいとかボーカルの5kHzをほんの少し突きたいとかそういう融通が効くので曲同士のバランスを取りやすい。
1曲だけマスタリングということであれば、ステム使わずともミックスからいじった方がいいと思うけど、複数曲だとね。
OzoneのMasterRebalanceなんかは(音量だけだけど)それを実現するためのものだね。