現実的には
鷺ノ宮〜中野(地下・東西線に合流）
http://chizuz.com/map/map75407.html
が一番ベターな選択だ。

西武新宿線の上りは、全て鷺宮から直通で新線東西線に入り、中野⇒西船橋・東葉勝田台行きになる。
西武新宿線は鷺宮〜高田馬場〜新宿間の各駅停車だけとなる。
所沢方面からの鷺宮駅での乗り換えは、同じホームの右左で新宿行きへ。

現在の西武新宿駅ホームを南にずらして、前寄りに乗車していれば橋を渡るだけでＪＲへ乗換えができる。
後寄り乗車すれば、従来の歌舞伎町に直行。
用地としては現在のＪＲの線路上に二階建てでホームを建設。（ＪＲ中央線、東京駅ホームと同じ）
または、プリンスホテルをぶち抜いて、ＪＲと平行する大ガードの歌舞伎町側に建設。

この案で不便になったと、困る人がいるかな？