さっき気づきましたがLinuxのdeb版ではインストールするだけで必要な処理(apparmor.dへSikiのプロファイルを追加)を行うようになったためUbuntuではそのまま実行できるようになっていますね
半年前の0.36.3以降のバージョンで正しく動作するようになっていたようです

AppImageが改善されることは無さそうなのでdeb/rpmを使うか自力パッケージの方法を推奨します

可能ならflatpakやsnapへの登録も目指したいところですがまだ何もわかっていない状態です