今確かめてみた 7.0.3495.10 (Stable channel) (64-bit)
1.リンク左クリックしてポップアップが出て[保存]押下した場合は自動リネームした
2.－－ 同上 －－ [名前を付けて保存]押下→保存ダイアログ上では(1)(2)…は付いてないな
3.リンク右クリから「名前を付けてリンク先を保存」押下→保存ダイアログ上でも(1)(2)…は付いてない
重複ダウンロードとかすること殆ど無いから以前どうなってたかは分からんなあ