59前後ぐらいから
『すべてのブックマークを表示』でポップアップ表示される
『ブラウジングライブラリー』で

適当なブックマークを一個なり複数なり選択して
左側のツリー表示のところの適当なフォルダに移動すると
名前などで並び替え指定をしていない場合
普通は移動先フォルダの一番下にいくところが
一番下じゃないところに挿入されるように移動することがある

……説明もへたくそなんですが再現のしかたがよくわからないのです(´・ω・｀)
同じような現象に悩んでおられるかたいらっしゃいますか？
・どこのフォルダでもなるわけじゃない
・一度なるようになったフォルダではだいたいおこる
・Firefoxをまっさらにインストールしなおして
　ブックマークを復元するとしばらく落ち着く

ちなみにWindows 7で使用中
今は61.0.1 (64ビット)を使用
（どのバージョンから起きるようになったかは失念）
ブックマーク数はたぶん3000ぐらい