>>150
init.coffee にこう書いてはどうでしょうか

leftDock = atom.workspace.getLeftDock()
disposable = leftDock.onDidChangeVisible =>
 leftDock.hide()
 disposable.dispose()

tree-view が左側にある前提で、一度だけ表示されるのを防ぎます
全角スペースを使っていますので、半角スペースに置き換えてください