>>259
失礼しました
うちのwin8 & ロジマウス(M505、M570)では問題が起きないため確認できないのですが
Hotkeysの先頭に以下追加でアクティブ時に機能OFFできると思います

#IfWinActive ahk_exe thunderbird.exe
WheelDown:: Send,{WheelDown}
WheelUp:: Send,{WheelUp}
#IfWinActive


蛇足ですがWheelAccel.ahkでは加速OFFにはできないようなので加速が不要な場合は
ここのWheelScroll.ahkで以下の設定にしてみて下さい
AcclMode = 0
AcclSpeed = 0
https://www6.atwiki.jp/eamat/pages/30.html