エミュなら、特定のゲーム用に上下が反転した設定ファイルを作って、ゲームごとに切り替えるって手もある。
ただしメニューとかの操作が上下が逆になるからストレスがマッハかも知れんけど、古いゲームなんだからある程度我慢が必要。

64じゃないけどメガドラのスペハリⅡを無理矢理リバース設定にして遊んでいた。