>>675
分割境界線の非アクティブ時のグレースケールの件、アップデートで解決しました。
画像ではなく、配色だけの指定でも、グレースケールで、若干暗くなるという状況になりました。
フラット表示にすると、ディレクトリ情報（関係）と、地続きなデザインとなる為、分割線だけ極端に色が変わるとちょっと浮く感じになります。

>>676
コンソールアプリはコンソールの表示の制御も出来ますので、コンソールの代替となるアプリでも作らなければ、コンソールアプリ側から描画してもらう事は難しいでしょう。
MSEに関しては、MpCmdRunのGUIフロントエンド等が出回ってない事でも、他のアプリからの制御は難しいのかも知れませんね。