>>635の方法で、Bufferを毎回再設定してやったら、なんとか動く様になりました。
かなり冗長になってしまいましたが、一応思うような動きになりました。
ありがとうございました。

IfNotSel:Exit:EndIf
Set_Buffer=%SelFiles%
Set_選択中リスト=%Buffer%
Set_BufferIndex=0
Set_Index=0
Repeat_%BufferCount%
Set_Buffer=%選択中リスト%
Set_BufferIndex=%Index%
SetExeFile_cmd
SetExeParam_/c echo this is %BufferLine%
SetExeOpt_WOH
ShellExecute
Echo_%Buffer%
Set_Index+=1
EndRepeat