6.2ml-b使用にて、フルスクリーン時のアスペクトは直りました。
その他倍率とかの変更も反映します。

当方、PC-FXのソフトしか持ってないので、ランチャーでBIOS指定して閉じて、CD用のバッチで起動
そして終了させて、import=に1を入れてコントローラー設定しています。
この辺設定の仕方が間違ってるかもしれませんが、GB等のソフトが無いのでランチャーから直起動はできず。
キーの右、左はFXの起動画面のマウスカーソルを動かす画面で効くのを確認しました。
しかし上と下のキーが逆に動きます。（スティックのUPを押したら下にDOWNを押したら上にカーソルが動く）
あと、RUNやIボタン他設定しても、無反応です。

ひとつ気になることがあるのですが、mednafen-0.8.D＋Launcher 0.7dでコントローラー設定する場合、
UPキーをクリックするとUPキーのタブが凹んだ状態になると思います。
パッドのUPキーを入力するとUPキーのタブが凹んだ状態が元の凸状態に戻り、指定したキー名が入力されますよね。
最近のランチャだとUPキーをクリックしても元に戻りRIGHTになります。
なんでコントローラーのキーを入力した状態にして、クリックすれば、正確なキー名が入力できますが
（説明難しくてわかりにくいかもしれませんが、些細なことなのでこれが影響してなければいいですが）

もしPSコントローラーのアナログ状態で正常な動作ができるなら、XBOX360コンと0.9.28との相性が相性が悪いのかもしれませんね。
諦めますのでｗ　今までお疲れ様です。