クォークが分数電荷とされるのは電荷の保存則と加法性を破らずハドロンを解析する為に必要な概念だから
逆に問えば、他に方法はあるか？

物理的でない分数電荷は現れないように工夫してる、もし現れたら誤りの証拠なので捨てればいい