審査の内規を元に専門家が下した判断を、法律家でしかない裁判官が
「内規に反する」としてひっくり返すのはどうなんだ？

内規は単なる内輪ルールで、法律でもなんでもない。
内規を理由に裁判官が口出しすること自体おかしいと思うけど。