アメリカロサンゼルスの日本人街リトル・トーキョーには、彼を偲んで命名された「オニヅカ・ストリート」がある。
惑星・オニヅカと月のクレーター・オニヅカ（英語版）（直径29km）は彼にちなんで命名されたものである。
アメリカのSFドラマ『新スタートレック』に、U.S.S.エンタープライズ NCC-1701-Dの艦載機シャトルポッドに「Shuttlepod 07 ONIZUKA」が登場する。
福岡県うきは市の鬼塚家墓所近傍（うきは市浮羽町高見）[9]に、功績を称えて命名された「エリソン・オニヅカ橋」がある。没後10周年にあたる1996年1月28日には浮羽町（当時）で追悼式典が行われ、同年2月18日にはオニヅカ夫人による記念講演も行われた。

1989年3月27日、テレビ東京開局25周年記念特別番組『宇宙飛行士エリソン・オニヅカと母』として、北林谷栄が母役で主演する2時間ドラマが放映された。
2017年1月、ハワイ島のコナ国際空港がエリソン・オニヅカ・コナ国際空港（英: Ellison Onizuka Kona International Airport at Keāhole）に改称された[10]。
2017年2月8日にNASAはチャレンジャー号の残骸から回収された彼のサッカーボールが宇宙飛行士シェーン・キンブロー（英語版）により国際宇宙ステーションに運ばれたと発表した。