subsを埋め込んでたら外部ファイルは不要なのでは？
どういう理由で必要なの？

まあそれは置いといて
-f bestvideo[vcodec*=av01]+bestaudio[acodec*=opus] --remux mkv --merge mkv --write-thumbnail --convert-thumbnails png --embed-thumbnail --write-subs --write-auto-sub --sub-lang ja --convert-subs srt --embed-subs --add-metadata --write-description
と
--write-sub --write-auto-subs --embed-subs
と3つ書くと、字幕が有る場合は字幕、無い場合は自動生成字幕、を埋め込んでファイルにも残す
という動作になる
これでいいならその3つはこれ一つで賄える
この3つを書いた場合にもファイルを削除したい場合は
--compat-options no-keep-subs
を追加