>>956
エラーが出ないならとりあえずストリーム分解して再結合してみたらどうだろう？
タイムスタンプとか同期ズレの問題なら直りそうな気がするが
ffmpeg -i input.mp4 -c:v copy temp.h264 -c:a copy temp.aac
ffmpeg -r 30000/1001 -i temp.h264 -i temp.aac -c copy output.mp4