>>765
詳細ありがとう、こちらでも現象は確認できた(試した動画は違う短いやつだけど)

ちなみに29.97はフレームレート(fps)であって、フレーム自体が抜けているわけではない模様
(フレーム総数は同じで再生時間だけが伸びた分、レートが下がっている)
映像や音声がおかしくなるのは恐らくタイムスタンプ？の問題だと思われる(あんま詳しくなくてスマン)

で、無知ながら数時間、試行錯誤した結果、-copytsを付けたらうまくいったかもしれん
ffmpeg -i input.ts -copyts -c copy output.mp4

もし手元にもうtsがなくて、再生時間のおかしいmp4しかない場合(それがcopyで変換したものなら)
一度映像と音声のストリームを取り出して再結合すればほぼ正常な動画にはなる
(ほぼ、というのはこのコマンド例だとピッタリ29.97にはならなかったから)
ffmpeg -i input.mp4 -vcodec copy temp.h264
ffmpeg -i input.mp4 -acodec copy temp.aac
ffmpeg -i temp.h264 -i temp.aac -c copy output.mp4