やっぱシーンで作るのが王道の方法だと思うわ

若干邪道な気もするけど、
>上のnレイヤーをフレームバッファ化
一時保存スクリプト(sm15784672とか。他の人が作ったのもあるみたいなのでお好みで)使って、レイヤー構造を

[はめ込みたい映像]←数レイヤーに渡るなら全部
[一時保存]←これで上のフレームバッファを保存
[はめ込む対象の映像]←はめ込みたい映像が完全に隠れるよう
[保存の読み込み]←大きさとか位置とか調整

でもいけそう。