これは単なる思い付きだけど、拡大縮小するのに色んなアルゴリズムがあって良し悪しがあるわけだから、
1920×1080→1024×768に縮小する時に使うアルゴリズムによって画質が変わり、
ということは最初から1024×768で撮るのと後から縮小するのでも違いがありそうだなと思った。、