色がおかしくなる原因はMPC-BEじゃなく制作時の色の扱いが原因かと思って
とりあえずここに誘導してみたんだけど、向こうで続けてもよかった気はする。

>>179
んー、こっちでは以下の手順でレンダラがmadVR/EVR-CPで何も問題ないな。システムの既定だと色がおかしくなる。

　１．http://seiga.nicovideo.jp/seiga/im1554681 の色確認用画像をIrfanViewで表示。

　２．アマレコTV4.11のデスクトップキャプチャモードでデスクトップ（1366x768）をキャプチャ。コーデックはULH0（UtVideo YUV420 BT.709）。

　３．録画したAVIをAviUtlにAVI/AVI2 File ReaderでYUY2読み込み。色変換は入力[自動]、出力[自動]。プレビューの色も問題なし。

　４．x264guiExの「バランス」プロファイルで出力。--colormatrix autoだが解像度によりbt709になる。

　５．元のAVIや出力したMP4をMPC-BE 1.5.3 build4455 で再生。
　　　レンダラーがmadVRやエンハンスドビデオレンダラー(カスタムプレゼンター)なら、AVIもMP4も色は正常。
　　　レンダラーを「システムの既定」にすると、赤系が暗く、緑系が明るくなってしまう。
　　　再生時のフィルターは、AVIがMPC AVI Source - MPC Video Decoder、MP4がMPC MOV/MP4 Source - MPC Video Decoder。

　６．WMPでの再生やAviUtlへの読み込みでも色は問題なし。

WMPやAviUtlでは問題ないってことだし、そちらのMPC-BEでの再生が何か変な気が。（先にこっちの可能性を潰すべきだったか）

　・MPC-BEのバージョンを上げてみる。できれば設定もリセットしてみる。

　・外部フィルタの優先をやめ、MPC-BEのスプリッタ・デコーダーで再生されるようにしてみる。

　・再生時に右クリック→フィルターで、スプリッタやデコーダー等を調べ、他のフィルタが挟まっていないかも確認する。
　　（ffdshow raw video filterとかが挟まっているとレンダラにフラグが伝わらないケースもある）

　・何かしらミスってた可能性を考慮し、上の手順でもう一度確認してみる

といったくらいのアドバイスしかできないや。すまん。