以下から誘導されて来ました
MPC-BE 14
https://mevius.5ch.net/test/read.cgi/win/1537581236/605-616
よろしくお願いします

続きですが外部入力の映像をキャプチャしてるのではなくデスクトップ画面そのものをキャプチャしてます
エンコ後のMP4はBEのシステム規定だけでなくWMPで再生したりAVIUTLに読み込んでみても本来の色味になるので物理的な色変化ではないんじゃないかと思います（エンコによる少々の劣化は別として）
変換元のAVIをAviUtlで読み込んだ時のファイル制御はAVI/AVI2 File Readeになってました