StyleのデータはJane2ch.exeを管理者で実行すると32bitなら
"C:\Program Files\Jane Style"
にアプリのデータが入っていたりするし

ユーザーモードで実行すると32bitなら
"%localappdata%\VirtualStore\Program Files\Jane Style"
にユーザーデータが入っていたりする

64bitならStyleは32bitアプリなので上記の場所がProgram Files (x86)になっている

管理者で実行してるかユーザーモードで実行してるかでどのファイルを使っているかややこしいことになっているので更新日時などでどちらがメインのデータになっているか確認するといい

インストーラー版だとインストーラーを管理者モードで実行してるのでそのままインストーラーから起動すると初回起動のファイルがStyleのプログラムフォルダ内に展開されたりする

XPにはVirtualStoreがないのでプログラムフォルダ内に全データがある

基本的にStyleを管理者で実行することを避ければインストーラーから展開されるファイル以外はVirtualStore内に入っているので二重にユーザーデータが作成されるのを避けることが出来る

Vistaから11まででインストーラー版を使うときは"Jane Style を実行する"のチェックボックスを外して一度インストーラーを終了させてからショートカットから起動させると初回起動時からVirtualStore内にユーザーデータを展開できる

これはJane Styleが古いアプリケーションなので起きる現象でWindowsの仕様なので避けることは出来ない

不安ならプログラムフォルダ内とVirtualStoreの両方にあるユーザーデータをバックアップすることをおすすめする

またzip版ならドキュメントフォルダにStyleをまるごと展開出来るので上記の仕様を回避することが出来る