【試したソフト】
Beyond Compare
→駄目でした。フォルダ名が違うと、ファイルが一緒でも重複していないファイルとして出てしまう。

AllDup
→駄目でした。

dupeGuru
→駄目。重複しているファイルしか出せなかった。

FreeFileSync
→こちらも駄目。ハッシュ値検索はできるが、フォルダが違うと別ファイルとして出てしまう。(ハッシュは同じなので、別のファイルとして表示)

>>967さんのソフト
→今試しています。ハッシュ計算中で1時間くらい止まっています。


こちらが今の全てです。
サブディレクトリを完全に無視して中のファイルだけをハッシュ値で比較し、重複していないファイルだけを抽出するというソフト以外にも解決方があれば何かご教授していただければと思います。
よろしくお願いいたします。