>>922
>フォルダが異なっていても、同名ファイルは差分として出ないようなソフトはないでしょうか？
ないんじゃね

1. 2つのフォルダに含まれるファイル名をリストとして出力する
2. リストをdiffツールで比較する
3. 差分として出力されたファイル名を指定フォルダに出力する

この3ステップを自動化ツール使ってワンアクションでできるようにすれば解決