LSを完全にアンインストールしてみてはどうだろうか。
これでLSの設定は全て初期化されるが新規インストール状態になるはず
・SteamからLSをアンインストール
・C:\Program Files (x86)\Steam\steamapps\common\Lossless Scaling\ フォルダを削除
・C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Local\Lossless Scaling\ フォルダを削除
・SteamからLSをインストール
・SteamからLSを起動