>>166
リロードではなくサスペンドして解除で試してみてください
AHKのマウスボタンのホットキーはUseHookの指定の有無に関係なくマウスフックによって実現されます
フックは後からフックされた物が優先されるため、AHKのスクリプト起動後に他のアプリがマウスフックを使用した場合、AHK側で不具合が発生することがあります
したがって、フック絡みの問題が疑われる場合、再度AHK側でフックすることで問題が解消するかどうかを試してみる価値があります
他のアプリのフックの状態や、現在使用されているフックの順番を取得する方法はないため、断定することはできませんが
同時にスクリプトやプロセスの初期化も行われるリロードによる再フックよりも
影響の少ないサスペンド→解除による再フックで問題が解消するのであれば、他のアプリにフックを奪われている可能性が高い、と推定できます
他にマウスフックを使用するアプリが常駐しているなら、そのアプリをどうにかしないと根本的には解決しません

仮にサスペンド→解除では解消せず、リロードでないとダメだった場合
最小スクリプトでも問題発生したとありますが、その最低限のコード内容により問題が発生している可能性も出てきます

暫定的かつ包括的な対策として、あまりスマートではないかもしれませんが
定期的か特定のタイミングでサスペンド→解除、またはリロードするようなスクリプトを組むと言う方法が考えられます

個別の対策としては、面倒ですが各コンビネーションキーでフラグ管理のような処理を入れれば、それを元にXButton1単独の誤爆回避は可能と思われます
また、XButton1の単独使用は難しくなりますが、コンビネーションキーに問題が出るなら
#HotIfか各キー側でGetKeyState("XButton1", "P")により分岐させる方法もあります
他にも別の問題が発生する可能性もありますが、XButton1をCtrlやShiftにリマップして、ホットキーは^RButton::などで使用する方法も考えられます

いずれにせよ、根本的な問題を特定して解消できない場合、プログラミング的な物も含めて試行錯誤の上実現するか
どこかを妥協して諦める、といったことが必要になると思われます