できれば変数を2つ入力させたいのですが、これだとうまくいきませんでした。
どこを修正すればいいのでしょうか?

for %%1 in (*) do "ffmpeg.exe" -ss 0 -i "%%a" "%%b" -c:v copy -c:a aac -map 0:v:0 -map 1:a:0 -map 2:a:0 "%%~na.mp4"