試しに条件を厳しくして見ようと思い
IDも習得し
ControlSend,, {tab down}, ahk_id %HWND52%　ahk_Pid %HWND5%
ControlSend,, {TAB up}, ahk_id %HWND52% ahk_Pid %HWND5%
のようにPIDとIDの両方を条件にかけましたが
やはりプログラム起動中は別ウィンドウのCNTORLやSHIFTが反映されないことがしばしばです