re-encodingせずに分割してるならストレージの読み書き速度がボトルネックになるのでソフトによる速度差はあまりないと思う

clipchampがre-encodingしてるならしないやつに変えればいい
GUIならAvidemux, LosslessCut, MKVToolNix, Shutter Encoder
CLIならffmpeg