うちの環境（google chrme）だとちゃんと改行されてました。
chatgptに聞いてみたところ「もしよければ、あなたの秀丸の改行コードと貼り付ける環境（ブラウザ名）を教えてくれれば、改行が消えないようにする具体的な設定手順を出せます」とのことでした。