第１フォントをメイリオにしてるのであればゴシックとの違いかSDL2の文字描画ライブラリーの違いに起因するもの（文字間の調整不足）かもしれません。
ただし修正する予定はありません（これ以上ソースを変更したくないので直せません）。
興味がある方はご自身でnicovideoE.dllを解析して修正してください。