IPv6 が原因なのではなくて、
Node.js が原因ということが考えられる

Node.js で ipv6first　が指定されていた時、
OS の設定に関わらず、Node.js の内部では ipv6first の回路が使われて、そこで問題が発生しているという可能性が

なので、Node.js で ipv4first にする >>603 を試してみてほしい