0.24.13を新規導入して確認してみたのですが、profileのsite/5ch.net.jsを見てもoptionsにsubject_sortby_lastmodify: trueが入ってないので多分その件のことではないでしょうか
新規導入後に板の並び順をスレッドの通し番号(昇順)>最後にレスがあった時間にしてソフトウェア板を開くと↓のようになります
https://i.imgur.com/27KlZYP.png